| 科室 | 复旦专科榜排名(年份) | 国家重点学科(年份) | 国家临床重点专科(年份) | 省重点专科(年份) | 市重点专科(年份) | 院优势专科 | 挂靠中心/实验室资质 |
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| 心血管内科 | 全国第 8（2021 年度，连续 9 年进前十）；2023 年度获提名 | 全院共用：外科学(普外)国家重点(培育)学科 | 国家临床重点专科 | 省重点学科 | 官方未统一披露 | 冠心病精准介入、冠脉 OCT、心脏移植、胸痛中心 | 心血管病医院、国家胸痛中心、黑龙江省冠心病精准诊疗重点实验室 |
| 心血管外科(心脏大血管外科) | 复旦东北区第 3（2021） | — | 国家临床重点专科（心脏大血管外科） | 省重点（心脏大血管方向） | 官方未统一披露 | 心脏移植、腋下小切口先心、大血管手术、微创心脏手术 | 心血管病医院、黑龙江省心脏大血管外科医疗质量控制中心 |
| 神经内科 | 复旦东北区第 4（2021） | — | 未列入正式名单 | 省重点学科 | 官方未统一披露 | 卒中绿色通道、神经免疫病、癫痫 | 卒中中心 |
| 神经外科 | 复旦东北区第 5（2021） | — | 未列入正式名单 | 省重点学科 | 官方未统一披露 | 颅底肿瘤、功能神经外科、微血管减压、癫痫外科 | — |
| 消化内科 | 复旦东北区前列（未进全国前十） | — | 结直肠肿瘤外科为卫生部国家临床重点专科(肿瘤学)建设项目 | 省重点（消化方向） | 官方未统一披露 | ERAT 首创、ESD/POEM/ERCP、24h 急诊内镜 | 四个内镜诊疗中心（东北三省最大消化内科） |
| 骨科 | 复旦东北区第 4（2021） | 国家重点学科：骨、关节创伤外科，脊柱外科 | 国家临床重点专科（骨科） | 省重点学科 | 官方未统一披露 | 脊柱微创、机器人辅助关节置换、3D 关节镜 | 骨关节疾病微创外科及运动医学科 |
| 泌尿外科/泌尿男科 | 复旦东北区（未明确名次） | — | 未列入正式名单 | 省重点（泌尿方向，以官方公示为准） | 官方未统一披露 | 前列腺疾病微创、早泄手术、阴茎假体植入、男性不育 | — |
| 肿瘤科(结直肠肿瘤外科) | 复旦东北区（结直肠方向领先） | 教育部国家重点培育学科(外科学)建设项目；国家级重点学科：结直肠肿瘤、肛门病外科 | 国家临床重点专科（肿瘤科）；卫生部国家临床重点专科(肿瘤学)建设项目 | 省重点（肿瘤医学） | 官方未统一披露 | NOSES 腹部无切口、超低位保肛、机器人手术 | 哈尔滨医科大学大肠癌研究所、国家消化系统疾病临床医学研究中心哈尔滨整合医学中心 |
| 急诊科 | 复旦东北区第 4（2021） | — | 国家临床重点专科建设项目（急诊医学科，2024） | 省重点学科（急诊医学） | 官方未统一披露 | 中毒、多器官衰竭、急性心梗抢救；国家紧急医学救援基地 | 国家紧急医学救援基地（创伤/胸痛/卒中/中毒等八大救治中心） |
| 重症医学科(ICU) | 复旦东北区第 3（2021） | — | 国家临床重点专科（重症医学科） | 省重点 | 官方未统一披露 | 急危重症、体外生命支持 | — |
| 医学影像科/超声医学科 | 超声医学全国第 10（2021 年度，连续 8 年进前十） | — | 国家临床重点专科（医学影像科） | 省重点（影像医学与核医学） | 官方未统一披露 | 超声医学全国领先 | — |
| 皮肤科 | 复旦东北区第 2（2021） | — | 国家临床重点专科（皮肤科） | 省重点（以官方公示为准） | 官方未统一披露 | 银屑病、红斑狼疮、皮肤肿瘤、白癜风 | — |
| 风湿免疫科 | 复旦东北区第 5（2021） | — | 国家临床重点专科（风湿免疫科） | 省重点学科 | 官方未统一披露 | 红斑狼疮、类风湿关节炎、重症狼疮脑病 | 风湿病医院 |
| 麻醉科 | 复旦提名 | — | 国家临床重点专科（麻醉科） | 省重点（麻醉学） | 官方未统一披露 | 危重病麻醉、麻醉与危重病学 | 黑龙江省麻醉与危重病学重点实验室 |
| 临床药学 | 复旦提名 | — | 国家临床重点专科（临床药学） | 省重点 | 官方未统一披露 | 临床药学全国前列 | — |
| 眼科 | 复旦东北区第 1（2021） | — | 国家临床重点专科（眼科） | 省重点学科 | 官方未统一披露 | 玻璃体视网膜手术、复杂白内障、眼底病 | 现代化眼科中心（层流手术室、术中 OCT） |
| 普通外科 | 国家级重点学科（普外） | 国家重点(培育)学科：外科学(普外) | 国家临床重点专科（普通外科） | 省重点学科 | 官方未统一披露 | 肛肠微创日间手术、微创外科 | — |
| 地方病科 | — | — | 国家临床重点专科（地方病科） | 省重点 | 官方未统一披露 | 地方病诊治 | — |
| 肾病科 | — | — | 国家临床重点专科建设项目（肾病科，2023） | 省重点 | 官方未统一披露 | 血液净化 | 血液净化中心 |
| 内分泌科 | — | — | 国家临床重点专科建设项目（内分泌科，2024） | 省重点学科（内分泌科） | 官方未统一披露 | 糖尿病、代谢病 | 糖尿病医院 |
注：国家临床重点专科正式名单（14 个）：重症医学科、肿瘤科、医学影像科、眼科、心脏大血管外科、心血管内科、普通外科、皮肤科、麻醉科、临床药学、临床护理、骨科、风湿免疫科、地方病科。国家临床重点专科建设项目（3 个，标注年份）：肾病科（2023）、内分泌科（2024）、急诊医学科（2024）。
